在Helicobacter、Frontiers in Microbiology、Discov Oncol、Postgraduate Medical Journal、American Journal of the medical sciences、Journal of Gastrointestinal Oncology、WJG、Oncology Letters、中华消化杂志、胃肠病学、胃肠病学和肝病学杂志等核心期刊发表学术论文近40篇。

作为课题负责人及分中心负责人主持/参与完成了：北京市自然科学基金-昌平创新联合基金资助项目“幽门螺杆菌感染根治前后肠道菌群多组学研究”（资助编号：L254076），国家科技部“十四五”国家重点科研计划“超声/共聚焦内镜在胃肠肿瘤疾病中的应用、推广和示范”，国家科技部支撑计划（2015BAI13B08）“血清学ABC法联合内镜筛查早期胃癌多中心临床研究”，北京市朝阳区科委资助社会发展计划“微探头超声内镜联合H.pylori检测对早期胃癌诊断的研究”，国家自然科学基金（30271516）、湖南省科学技术厅重点科研项目（03SSY1003-4）及湖南省科学技术厅特大科研项目（2004533058）、中国医药卫生事业发展基金会资助项目“含艾普拉唑的二联、四联幽门螺杆菌根除方案疗效和安全性比较”、“幽门螺杆菌根除前后肠道菌群宏基因组和代谢组研究”、“探究共聚焦激光显微内镜（CellTouch)对萎缩性胃炎分级诊断的临床研究价值”、“探究共聚焦激光显微内镜联合放大内镜对表浅鳞状细胞癌的诊断价值”、“探究共聚焦激光显微内镜技术对溃疡性结肠炎缓解期和活动期诊断的临床应用价值”，北京大学第三医院国家重点实验室资助项目“MACC1/c-Met/RAS通路在结直肠癌中的表达模式及临床意义”、“Snail、BMP6、p16 在胃癌中的表达及临床意义”，中国医学科学院北京协和医学院牵头多中心协作课题“乳果糖对糖尿病便秘患者肠道菌群和代谢的影响”，院内领军人才基金“MACC1-SPON2轴介导CAF激活促进结直肠癌转移的机制研究”、院内领航基金“阿司匹林相关胃黏膜病变的蛋白质组研究、结直肠癌肠及癌前病变道菌群多组学研究”自研课题“IBS-C与肠道菌群和代谢影响的研究、利那洛肽对IBS-C患者肠道菌群和代谢影响的研究”、“阿司匹林相关胃黏膜病变中GFR/PCNA/MUC5AC表达的研究”、“无痛结肠镜前聚乙二醇口服时间对肠道准备效果的影响”等20余项科研项目。

代表性论著（*代表通讯作者）

1.Cheng,Yanli, et al. Diagnostic value of mini-probe endoscopic ultrasound in preoperative tumor nodal (TN) staging of gastric cancer and analysis of factors influencing T-staging accuracy[J]. Journal of Gastrointestinal Oncology, 2026，17(2):49.

2.Yanli Cheng,et al. Decreased Vascular Endothelial Growth Factor Expression Is Associated with cell apoptosis in low-dose aspirin-induced Gastric mucosal injury[J]. American journal of the medical sciences, 2015, 349(2) : 110-116.

3.Yanli Cheng,et al. Screening for Novel Protein Targets of Indomethacin in HCT116 Human Colon Cancer Cells Using Proteomics[J].Oncology Letters, 2013, 6(5):1222-1228.

4.程艳丽等. Ki-67表达及幽门螺杆菌感染在阿司匹林相关性胃黏膜病变中的作用[J].胃肠病学和肝病学杂志, 2012, 21(4):4.

5.程艳丽等. COX-1、COX-2在小剂量阿司匹林相关性胃黏膜病变中的表达和意义[J].胃肠病学, 2012, 17(10):597-600.

6.Yanli Cheng,et al. Two-dimensional Polyacrylamide Gel Electroph- oresis Analysis of Indomethacin-treated Human Colon Cancer Cells[J].World Journal of Gastroenterology,2005, 11(16):2420-2425.

7. 程艳丽等. 吲哚美辛抗人结肠癌细胞系HCT116的功能蛋白质组研究[J].中华消化杂志, 2004, 24(12):736-740.

8.Hongwei Guo, Yanli Cheng*,et al. Solitary Splenic Tuberculosis: A Case Report[J]. World Journal of Clinical Cases, 2022,10(28): 10260-10265.

9. 郭红伟，程艳丽*. 基于iTRAQ技术的阿司匹林相关胃黏膜病变差异蛋白质组学研究[J].胃肠病学和肝病学杂志, 2023, 32(4):361-366.

10. 倪小涵，程艳丽*等. EGFR、PCNA和MUC5AC在阿司匹林相关人胃黏膜病变中的表达[J]. 胃肠病学和肝病学杂志,2023,32(10):1094-1099.

11. 韩强，程艳丽*等. 含米诺环素、克拉霉素的铋剂四联方案在青霉素过敏的幽门螺杆菌感染初治患者中的应用价值[J]. 胃肠病学和肝病学杂志,2024,33(5):513-517.

12. Xu X, Cheng Y*,et al. Chronic constipation and gut microbiota: current research insights and therapeutic implications[J]. Postgrad Med J. 2024 Nov 22;100(1190):890-897.

13. 郭红伟,程艳丽*等. 不同时机聚乙二醇电解质散剂给药方案对肠道清洁效果的影响[J].中国内镜杂志，2025,31(6):64-69.

14. Wang YL, Cheng YL*,et al. Characterization of gut microbiota and metabolites in individuals with constipation-predominant irritable bowel syndrome [J]. Frontiers in Microbiology, 2025, 16:1617288.

15. Han Q, Cheng YL*,et al. Different doses of ilaprazole for dual therapy versus bismuth-quadruple therapy for Helicobacter pylori infection: a three-arm, randomized clinical trial [J]. Helicobacter, 2025, 30(6): e70086.

16.Wang YL, Cheng YL*,et al. A case study of gastritis cystica profunda mimicking a submucosal tumor treated with endoscopic submucosal dissection[J]. Discov Oncol. 2025 Nov 28;16(1):2344.